B The Beginning ปริศนาฆาตกร นั้นเป็นเรื่องราวของมนุษย์ และคนที่เหนือมนุษย์จากการทดลอง การต่อสู้ที่มาในรูปแบบของการไขคดีอาชญากรรม การฆาตกรรมปริศนาที่ฆาตกรมักจะทิ้งข้อความว่า B IIII ไว้เสมอ ซึ่งรูปแบบดันไปเกี่ยวโยงกับคดีฆาตกรรมสะเทือนขวัญ ที่เหยื่อที่ถูกฆ่านั้นดันเป็นน้องสาวของคีท คาซามะ ฟลิก นักสืบอัจฉริยะในกลุ่มตำรวจหลวง RIS ซึ่งการสูญเสียในครั้งนั้นทำให้ คีท ออกจากหน้าที่ แต่สุดท้ายเขาก็ได้กลับมาสืบคดีต่อ เพื่อล่าตัวฆาตกร คิลเลอร์บี (โคะกุ) เด็กหนุ่มในโครงการทดลอง ซึ่งปมของสองตัวละครนี้ก็เรื่องพัวพันกันอีกด้วย
